Przy doborze metody istotna jest też racjonalna gospodarka odpadami, która polega na maksymalnym wykorzystaniu oraz jednoczesnym ograniczeniu ich szkodliwego oddziaływania na środowisko. Po przeprowadzeniu starannej segregacji można przejść do utylizacji odpadów niebezpiecznych. Pierwszą z metod jest metoda termiczna polegająca na spalaniu w piecu powyżej temperatury 850ºC. Pozwala to na zutylizowanie około 90% odpadów niebezpiecznych. Kolejnym sposobem jest autoklawowanie, czyli użycie sterylizatora parowego. Odpady są poddawane wstępnej obróbce, a następnie neutralizowane w temperaturze powyżej 130ºC. Dzięki temu stają się nieszkodliwe, co sprawia, że można składować je na zwykłych wysypiskach. Inną powszechnie stosowaną metodą jest chemiczna dezynfekcja z zastosowaniem chloru. Niestety chlor szkodliwe oddziałuje na środowisko, dlatego stosowanie tego związku należy do spornych.